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DATOS GENÓMICOS MOSTRADOS EN SENDEROS BIOLÓGICOS

Hola y mil gracias por leerme. Te habla Simón Sánchez y en el día de hoy hablaremos sobre DATOS GENÓMICOS MOSTRADOS EN SENDEROS BIOLÓGICOS

NOTICIAS DE CIENCIA E INGENIERÍA

GenMAPP Datos visualizados por investigadores de Gladstone Un nuevo programa informático está ayudando a los investigadores de genómica a dar sentido a la gran cantidad de datos (una colección masiva de números y decimales) que resultan del uso de microarreglos de ADN, el método popular de examinar la expresion genica.

El programa, denominado GenMAPP (Gene MicroArray Pathway Profiler), muestra datos de expresión génica en el contexto de vías biológicas conocidas para que los científicos puedan ver cómo encajan sus resultados en ejemplos de la vida real. «GenMAPP proporciona una nueva forma de ver la información genómica», dijo el líder del proyecto Bruce Conklin, MD, investigador del Instituto Gladstone de Enfermedades Cardiovasculares y profesor asociado de medicina, farmacología molecular y celular en UCSF. “Los datos de expresión génica estaban en un mundo y la biología conocida en otro. GenMAPP ayuda a conectar los dos «.

El programa es el tema de un artículo publicado en la edición de mayo de Nature Genetics.

El flujo de secuencias de varios proyectos de secuenciación del genoma ha allanado el camino para experimentos a gran escala para estudiar la expresión génica. Un solo experimento puede producir información de miles de genes. GenMAPP organiza los resultados mediante un proceso biológico, lo que permite a los investigadores ver cambios coordinados en la expresión génica que serían difíciles de ver si se miraran todos los datos a la vez.

Desde su versión beta hace un año, más de 1.000 científicos de más de 35 países diferentes se han inscrito para descargar el programa, que se distribuye gratuitamente al público a través de su sitio web (http://www.GenMAPP.org). Los comentarios de estos usuarios se utilizaron para perfeccionar el programa y orientar los planes para su desarrollo futuro.

El programa nació de una idea del laboratorio Conklin (http://www.ConklinLab.org) en Gladstone, cuyos miembros comenzaron a dibujar representaciones gráficas de vías biológicas que incluían genes para los que tenían datos de expresión. Con estos diagramas, podrían examinar la importancia biológica de un cambio en la expresión génica: información obtenida de microarrays de ADN. Al encontrar los diagramas útiles, contrataron a un programador de computadoras para que escribiera un programa que les permitiera ingresar fácilmente sus datos y generar diagramas llamados MAPP.

Con GenMAPP, el usuario simplemente elige uno de los miles de MAPP que ya están disponibles en el sitio web de GenMAPP o dibuja su propio MAPP utilizando las herramientas gráficas del programa. Actualmente existen 1009 MAPP para ratones, 1.905 MAPP para humanos, 345 MAPP para ratas y 633 MAPP para levadura. El usuario importa los datos de la micromatriz al MAPP y selecciona los colores deseados para representar el ajuste hacia arriba y hacia abajo de los genes. Luego, se muestra la MAPP de color, mostrando los datos de expresión génica.

En las MAPP, los recuadros representan los genes y las flechas representan la dirección de la cascada de genes implicados en la ruta biológica. Por ejemplo, el MAPP para la vía de degradación de ácidos grasos incluye cajas genéticas para lipoproteína lipasa y glicerina quinasa, por nombrar un par de genes. Las flechas apuntan desde la lipoproteína lipasa hasta la glicerina quinasa, lo que muestra que la lipoproteína lipasa actúa sobre el triacilglicerol para convertirse en glicerol y ácido graso. La glicerina quinasa luego toma el glicerol y lo transforma en L-glicerol-3-fosfato.

Cada caja de genes está vinculada a información sobre ese gen. Al hacer clic en la casilla, los usuarios pueden obtener hipervínculos a las páginas web de GenBank y SWISS-PROT sobre ese gen.

Muchos de los MAPP existentes disponibles en el sitio web de GenMAPP se han creado a partir de información obtenida de los libros de texto de bioquímica. Algunos MAPP se crearon sobre la base de información de investigaciones recientes de científicos de todo el mundo. GenMAPP viene con herramientas de ilustración para que los científicos puedan diseñar sus propios MAPP y agregarlos a la base de datos.

«GenMAPP se vuelve más útil a medida que crece el número de MAPP», dijo Kam Dahlquist, PhD, 1st.

El método más popular para analizar los datos de expresión génica se llama agrupación jerárquica, que agrupa genes con niveles de expresión similares. Este método es poderoso porque agrupa genes sin ningún conocimiento previo de la función del gen. GenMAPP adopta un enfoque opuesto y complementario. Al observar los genes en el contexto de un proceso biológico conocido, es posible dar sentido a datos que de otro modo no serían interpretables.

Además, los pequeños cambios en la expresión génica pueden pasarse por alto en la agrupación jerárquica, pero tienen un significado real cuando se ven en una ruta biológica. El agrupamiento jerárquico y el GenMAPP basado en rutas trabajan juntos para ayudar en la interpretación de datos biológicos.

«Esto es parte de un proceso más amplio de unir todas las piezas y tiene un valor tremendo para comprender la enfermedad», dijo Conklin.

Actualmente, GenMAPP es el único programa gratuito disponible para diseñar, ver y compartir información de rutas en un formato que se puede utilizar con datos de expresión genética. No existen barreras para que ningún científico use el programa para modificar MAPP de acuerdo con su hipótesis, diseñar nuevas vías y compartir datos con otros en la comunidad. Conklin dijo que espera que GenMAPP se convierta en un medio estándar para mostrar datos de microarrays e información de ruta. Los investigadores ya están utilizando GenMAPP para ver resultados en conferencias y artículos publicados. Al proporcionar un formato común para presentar y compartir datos, Conklin dijo que espera que GenMAPP ayude a los biólogos a comunicarse.

«Esto nos acerca un paso más al objetivo común de tratar de determinar cómo unir todas las piezas del rompecabezas biológico», dijo.

La financiación para el desarrollo de GenMAPP provino de los Institutos J. David Gladstone, el Centro de Investigación Clínica General del Hospital General de San Francisco, el Instituto Nacional del Corazón, los Pulmones y la Sangre y los programas del NHLBI para aplicaciones genómicas.

El Instituto Gladstone de Enfermedades Cardiovasculares es uno de los tres institutos de investigación que conforman los Institutos J. David Gladstone, un instituto privado de investigación biomédica sin fines de lucro afiliado a UCSF. El instituto lleva el nombre de un importante promotor inmobiliario que murió en 1971. Su testamento creó un fondo de testamento que refleja su antiguo interés en la educación e investigación médicas.

Sitio web: http://www.genmapp.org/intro.html

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