Dell empaqueta HPC para ciencias biológicas

Hola de nuevo. Yo soy Simón Sánchez y hoy vamos a hablar sobre Dell empaqueta HPC para ciencias biológicas

Dell tiene la mira puesta en un dúo de tendencias que se desarrollan en torno a la informática de alta gama. Por un lado, el ritmo, el precio y la práctica de la genómica están convergiendo para crear un mercado en auge. Y en esa nota, la infraestructura informática necesaria para impulsar todo hacia adelante se enfrenta a una convergencia propia.

Hay una serie de cifras que demuestran el rápido crecimiento de la genómica durante la última década, todas las cuales coinciden con la disminución cada vez más profunda del costo de secuenciar genes. Con más empresas secuenciando múltiples muestras genéticas para ayudar en todo, desde el descubrimiento de fármacos, el tratamiento de enfermedades y la creación de nuevos materiales, ha llegado el momento de una explosión de enfoques de infraestructura todo en uno especialmente diseñados.

Según IDC, se proyecta que el gasto en sistemas convergentes crecerá «a una tasa anual compuesta de más del 54% durante el período de pronóstico 2011-2016, impulsado por los beneficios de costo y eficiencia relacionados con las operaciones y la gestión de la «TI, participación simplificada del proveedor y tiempos de productividad más rápidos con actualizaciones del sistema de TI».

Esta semana en el Dell Enterprise Forum, la compañía capturó estas tendencias junto con la presentación de su oferta de Infraestructura activa para HPC Life Sciences. La empresa, cuyo lanzamiento está previsto para agosto, describe su paquete como un «bloque modular de almacenamiento y cómputo de alto rendimiento» que incluye los ladrillos necesarios apilados en un solo bastidor que alberga 32 nodos.

Los blades PowerEdge empaquetados están orquestados con Bright Cluster Manager y vienen con Intel en su interior, es decir, el Xeon E5-2400 de doble zócalo de 8 núcleos. Por sí solos, estos blades particulares ofrecen hasta 16 núcleos con 2,5 MB de caché por núcleo. Con esta potencia, Dell afirma que un gabinete puede soportar la carga de datos de dos a cuatro secuenciadores.

En otras palabras, si tiene los conocimientos prácticos, un buen millón de dólares debería permitirle trabajar con dos secuenciadores (si están en el extremo inferior como el «bienes«Los que ofrecerá Life Technologies) y un buen refrigerador Dell para manejar todos sus datos genómicos. Si bien eso puede ser un poco exagerado, aparte de los costos de energía y la conveniencia general, Dell insiste en que hay un mercado ávido de empresas los más pequeños están ansiosos por eliminar los problemas de TI y seguir la secuencia.

Dell afirma que los usuarios pueden aprovechar hasta 512 núcleos, 1,5 terabytes de memoria, 540 terabytes de almacenamiento del sistema de archivos Dell NFS y Lustre, todos conectados con una red de 10 GbE o Infiniband.

La compañía dice que el impulso y el trabajo de investigación detrás de su oferta de ciencias de la vida convergente se basaron en su trabajo con el Instituto de Investigación de Genómica Traslacional (TGen), donde pudieron reducir los tiempos de entrega. análisis genómico de una semana a un día.

Dell está haciendo una serie de otras afirmaciones importantes para su personalización basada en la genómica, la más importante de las cuales es que los usuarios pueden reducir los flujos de trabajo de genómica de días a horas gracias a la capacidad de optimizar el software y los datos de análisis. en el clúster y el sistema de archivos. El resultado final es la capacidad de procesar 38 genomas reportados por día en un solo sistema.

Señalan que, además de reducir el tiempo de procesamiento, la adquisición, optimización y mantenimiento de un clúster personalizado construido con piezas de materia prima puede agregar una sobrecarga significativa de tiempo y costo. Su rack de 650.000 dólares, en comparación con lo que revelan las matemáticas del servidor, no es sorprendente, pero para los usuarios que simplemente quieren deshacerse del problema del centro de datos y volver a la investigación, el elemento «plug and play» podría ser bastante Interesante.

Lo que será interesante de observar durante los próximos años es cómo la línea de costos de la secuenciación se ve afectada por el lado de la ecuación de TI. Como se señaló anteriormente, los secuenciadores en sí están cada vez más disponibles debido al precio. Si el lado del servidor del negocio de la genómica hiciera lo mismo de una manera más competitiva, los objetivos de la medicina personalizada podrían estar más cerca de lo que pensamos, y no solo por el trabajo de un número relativamente pequeño de institutos de investigación que tenían financiamiento. suficiente … Imagine la capacidad de un médico promedio para adaptar el tratamiento en función del esfuerzo en una secuencia rápida a una vigésima parte del costo que habría tenido en 2009.

Según Jason Corneveaux, bioinformático de la división de neurogenómica del Instituto de Investigación de Genómica Traslacional, «con enfermedades como el neuroblastoma, las horas importan». Afirma que su sistema Dell les permite evaluar el procesamiento necesario durante un «período de tiempo clínicamente relevante».

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