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e-Science identifica nuevas armas en Superbug Battle

Hola otra vez. Te habla Simón Sánchez y hoy hablaremos sobre e-Science identifica nuevas armas en Superbug Battle

Las técnicas desarrolladas en el marco del programa e-Science del Reino Unido llevaron a la identificación de medicamentos anti-MRSA que recibieron una amplia publicidad en los medios nacionales del Reino Unido el mes pasado. E-Therapeutics, una empresa derivada de la Universidad de Newcastle, ha anunciado el descubrimiento de tres fármacos eficaces contra las superbacterias resistentes a los antibióticos, como el azote del hospital Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA).

Los medicamentos ingresan en ensayos clínicos este mes y se espera que estén disponibles para su uso dentro de 2 a 3 años. Son los primeros antibióticos en emplear un modo de acción verdaderamente nuevo que se ha descubierto durante décadas.

Las compañías farmacéuticas y otras se han esforzado mucho en la investigación de medicamentos para derrotar a las superbacterias. e-Therapeutics ha tenido éxito donde otros han fracasado mediante el uso de la computación Grid y las técnicas de e-ciencia para explorar la cartera de medicamentos existentes y con licencia para aquellos que han demostrado acción contra las superbacterias.

«Con estas técnicas, podemos buscar a través de todos los datos, verrugas y todo, muy rápidamente e identificar candidatos en una fracción del tiempo que lleva utilizando métodos convencionales de descubrimiento de fármacos», dice el profesor Malcolm Young, presidente de e-Therapeutics. y vicecanciller de la Universidad de Newcastle. La investigación financiada por EPSRC y DTI en el marco del programa e-Science demostró la confiabilidad del nuevo método al demostrar que podía predecir con precisión la acción y los efectos secundarios de los 103 antibióticos previamente conocidos y muchos otros medicamentos. .

La seguridad de la red puede parecer tener poco que ver con el descubrimiento en profundidad, pero fue la búsqueda para averiguar dónde las redes son más vulnerables lo que llevó a estos últimos descubrimientos. Dentro de una célula, las proteínas interactúan con otras proteínas formando una red que hace que la célula funcione. En la mayoría de las redes, y las células no son una excepción, algunos nodos son más importantes para la integridad de la red que otros. Las técnicas de e-ciencia iniciadas en Newcastle permiten el descubrimiento de estas proteínas clave. El siguiente paso es averiguar qué sustancias químicas se dirigen a las proteínas que son vitales para la superbacteria invasora, dejando a la persona sola.

Todo esto es una tarea muy grande, ya que implica trabajar con grandes cantidades de proteínas y datos químicos contenidos en diferentes bases de datos. Obtener acceso e integración de estos datos requiere técnicas de e-ciencia para superar obstáculos, como datos almacenados en muchos formatos diferentes y bajo diferentes nombres. Hay que realizar muchos cálculos muy rápidamente para probar todas las posibilidades, agotando los recursos informáticos locales. Por lo tanto, se necesita la computación en red para acceder a suficiente potencia de cómputo de forma remota. La creación de una nueva base de datos para contener los resultados de la búsqueda también es una tarea desafiante que requiere técnicas de e-ciencia.

En teoría, algo de esto podría haberse hecho sin la e-ciencia y la computación Grid, pero habría sido una tarea tan enorme y habría llevado tanto tiempo que a nadie le importó. Sin embargo, estas nuevas y poderosas técnicas de análisis y computación permiten hacer esto rápidamente. e-Therapeutics identificó algunos candidatos a fármacos para ensayos clínicos en menos de dos semanas. Además de los tres antibióticos, la empresa ha identificado más de 60 compuestos de «plomo» en muchas áreas médicas diferentes.

Las técnicas también se están reviviendo en la búsqueda de nuevas drogas de la selva amazónica. El año pasado, e-Therapeutics se asoció con compañías farmacéuticas en el noreste de Brasil para probar sustancias extraídas de plantas de la selva tropical para determinar su efectividad contra una variedad de enfermedades. Las técnicas reducen el tiempo que lleva analizar una sustancia de, por lo general, dos años a dos meses.

“El descubrimiento de fármacos es un problema de investigación. El descubrimiento de fármacos convencionales se está agotando porque los métodos de investigación utilizados hasta la fecha son muy ineficientes. Lo que estamos tratando de hacer es industrializar el descubrimiento de fármacos mediante la implementación de todos estos procesos en computadoras, impulsados ​​por la e-ciencia ”, dice Young.

Fuente: JISC / EPSRC

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