El Dr. Moraru establece VCell como la principal herramienta de modelado de células - Calendae | Informática, Electrónica, CMS, Ciberseguridad

El Dr. Moraru establece VCell como la principal herramienta de modelado de células

Hola, ¿qué tal colega?. En el teclado Simón Sánchez y en esta ocasión te voy a contar sobre El Dr. Moraru establece VCell como la principal herramienta de modelado de células

Una de las funciones clave de la HPC en las ciencias de la vida es la creación de modelos y prototipos «virtuales» realistas que permiten realizar experimentos sin utilizar tejido orgánico real. No debería sorprendernos que este grado de fidelidad requiera enormes cantidades de potencia informática y espacio de almacenamiento.

Ingrese al Dr. Ion Moraru, quien tiene la experiencia perfecta para ayudar a marcar el comienzo de la era de la biología computacional. Formado como médico, Moraru pasó a la investigación en biología y luego a la informática. Su primer trabajo en la Universidad de Connecticut se centró en la investigación experimental sobre los mecanismos de señalización intracelular. Su trabajo en biología celular ha resaltado la necesidad de modelos matemáticos de comportamiento intracelular, dice, lo que ha llevado a un interés más general en el modelado teórico de fenómenos biológicos celulares.

Pronto Moraru estaba colaborando con la Dra. Leslie M. Loew, del Departamento de Biología Celular, en un proyecto llamado «Recurso Nacional para Análisis y Modelado Celular». Loew estaba a la vanguardia de los campos incipientes de la biología celular computacional y la biología de sistemas. La influencia de las computadoras estuvo a punto de transformar la ciencia de la biología. Moraru y Loew, junto con James Schaff, un ingeniero informático ingenioso, comenzaron a trabajar en un programa genérico que podría crear simulaciones realistas de procesos intracelulares.

Del artículo:

Llamada «Virtual Cell» (VCell), su concepto pronto se convirtió en una extraordinaria herramienta computacional que permite a los científicos modelar y simular la biología celular a través de una plataforma que incluye sofisticado software distribuido y cientos de servidores, algunos de procesamiento, otros que almacenan información y algunos con software que puede manejar los cálculos masivos necesarios para modelar y simular procesos celulares. En solo unos pocos años, VCell se ha vuelto tan poderoso que se puede usar para todo, desde evaluar hipótesis científicas e interpretar datos experimentales hasta crear modelos multinivel en los que los científicos evalúan el comportamiento de sistemas complejos.

VCell se ha convertido en una de las plataformas líderes para el modelado cinético y la simulación de moléculas. Su diseño cliente-servidor basado en web permite a los biólogos crear potentes simulaciones sin la necesidad de su propio hardware de procesamiento costoso o habilidades de software complejas.

Moraru fue seleccionado para liderar el desarrollo de una infraestructura computacional dedicada que permitiría a VCell respaldar la investigación global. Establecido por primera vez en 1999, el sistema ha crecido de tres racks de procesadores, aproximadamente del tamaño de una pequeña fila de archivadores de oficina, a una cartera de hardware de varios millones de dólares. Ahora, el recurso que ha creado Moraru apoya a más de 2.000 científicos de todo el mundo.

El proyecto recibió recientemente equipos nuevos por valor de 500.000 dólares, en su mayoría servidores blade, adquiridos con una subvención de los NIH. La naturaleza de la tecnología de las palas permite un crecimiento futuro sustancialmente ilimitado. Moraru dice que es algo bueno porque esperan que se necesite más potencia informática.

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