El Instituto de Investigación David H. Murdock apoya a investigadores de todo el mundo con una solución HPC basada en sistemas Dell - Calendae | Informática, Electrónica, CMS, Ciberseguridad

El Instituto de Investigación David H. Murdock apoya a investigadores de todo el mundo con una solución HPC basada en sistemas Dell

Hola, ¿qué tal colega?. Te habla Simón Sánchez y en esta ocasión te voy a hablar sobre El Instituto de Investigación David H. Murdock apoya a investigadores de todo el mundo con una solución HPC basada en sistemas Dell

Cuando el multimillonario David H. Murdock invirtió 500 millones de dólares en el campus de investigación de Carolina del Norte, su visión era crear el epicentro mundial de la investigación sobre nutrición y enfermedades. La iniciativa público-privada incluye el Instituto de Investigación David H. Murdock (DHMRI), que se estableció como una organización benéfica pública para apoyar la investigación innovadora en el Campus de Investigación de Carolina del Norte. Con sede en Kannapolis, Carolina del Norte, DHMRI alberga una de las colecciones más grandes y avanzadas de equipos científicos de su tipo en el mundo, que incluye tecnología de vanguardia en genómica, proteómica, metabolómica, microscopía y RMN.

Un socio fuerte de HPC

Algunas tareas de procesamiento en DHMRI requieren que muchas computadoras trabajen juntas para completar el análisis en un período de tiempo razonable. Para sus necesidades de computación de alto rendimiento (HPC), el Instituto recurrió a Dell. «Nuestro clúster de HPC se basa en servidores blade Dell PowerEdge M600 con procesadores Intel Xeon», dice Mark Burke, director de TI de DHMRI. «Nuestros componentes básicos son simplemente gabinetes blade Dell M1000e, que sabemos que estarán en producción y recibirán soporte durante mucho tiempo».

Los servicios de consultoría de Dell y DHMRI diseñaron el clúster para que sea flexible, modular y escalable. «En ese momento, nuestras necesidades de un clúster de HPC no estaban bien definidas, básicamente me dijeron que construyera un clúster que pudiera respaldar cualquier cosa que pudieran pensar nuestros científicos», dice Burke. «La única forma de hacer esto era crear un clúster que fuera completamente modular y pudiera aprovechar múltiples estructuras, dependiendo del tipo de trabajo que se necesitaba realizar en él».

DHMRI adquirió todos los aspectos del clúster a través de Dell, incluidas las interconexiones Mellanox InfiniBand, los conmutadores Ethernet Force10 y el software Platform Cluster Manager. Los servicios de implementación de Dell implementaron el clúster en tres semanas.

“Analizamos muchos proveedores diferentes antes de crear nuestro clúster y el mandato que le di a Dell fue que quería que un proveedor fuera responsable de todo”, dice Burke. “Entonces, si tengo un problema con el grupo, llamaré a un número. Estamos muy contentos tanto con el equipo como con los servicios de soporte de Dell «.

Una necesidad de velocidad

Una de sus tareas es proporcionar análisis genómicos que puedan ser utilizados por los distintos grupos de investigación del campus. DHMRI utiliza herramientas especializadas de secuenciación genómica y software de análisis genético para generar datos sin procesar y luego procesar esos datos en un formato utilizable. El proceso de secuenciación actualmente produce alrededor de cinco terabytes de datos brutos por semana. Utilizando la solución de servidor vendida y recomendada por el proveedor de secuenciación, el análisis de los datos sin procesar tomó aproximadamente cinco días, lo que no fue lo suficientemente rápido para Burke.

«Necesitamos poder entregar datos de la más alta calidad al cliente en el menor tiempo posible», dice. «Así que decidimos no comprar equipos informáticos recomendados por los proveedores. En su lugar, creamos una solución utilizando un servidor Dell PowerEdge R900 con procesadores Intel Xeon que ejecutan Red Hat Linux. Inmediatamente redujimos el tiempo necesario para procesar uno de estos análisis. en el que analizamos miles de millones de pares de bases de ADN desde 5 días hasta 38 horas ”.

Una parte importante del equipo del centro de datos de DHMRI es Dell y DHMRI está estandarizado en las computadoras portátiles Dell Latitude y las estaciones de trabajo Dell Precision para las necesidades informáticas del cliente. «Preferimos adoptar el mejor enfoque para el hardware y los servicios profesionales, y Dell se ajusta a esa descripción en muchas industrias», dice Burke.

Cumplimiento del plazo

Si bien el tiempo de procesamiento del PowerEdge R900 fue una mejora notable, Burke quería más. Se acercaban los plazos de investigación, por lo que se acercó a Dell y le explicó sus necesidades de más memoria y procesadores más potentes. El equipo de Dell respondió con una unidad de preproducción del Dell PowerEdge R910, con 128 gigabytes de RAM, ampliable a un terabyte, y cuatro procesadores Intel Xeon de la serie 7500 con ocho núcleos cada uno.

«Prefiero usar procesadores Intel», dice Burke. «Son una plataforma sólida y la arquitectura es muy apropiada para lo que hacemos, realizando millones de cálculos de forma regular. La capacidad de procesamiento y la velocidad del bus interno de los nuevos procesadores Intel Xeon son realmente sorprendentes».

Como el equipo de Dell respondió rápidamente, Burke pudo cumplir con el plazo de búsqueda. «El mismo trabajo que tomó 38 horas en el Dell PowerEdge R900 sólo tomó 22 horas en el R910, una reducción del 42 por ciento en el tiempo de procesamiento», dice. “Así que ahora podemos obtener resultados mucho más rápido. Además, acabamos de comprar una segunda herramienta de secuenciación genómica del mismo proveedor y, debido al rendimiento del R910, no tendremos que comprar un segundo servidor para analizar los datos. Un R910 podrá manejar la salida de ambas herramientas y podremos expandir la memoria para acomodar algoritmos aún más complejos. Reutilizaremos el R900 en otra área de investigación «.

Un camino corto hacia el ROI

Dell PowerEdge R910 reducirá significativamente la huella de energía y refrigeración para la investigación de secuenciación genómica. «Con los procesadores Intel de la serie 7500 que usan menos energía y generan menos calor, la nueva arquitectura de CPU reducirá nuestros costos de energía y enfriamiento en un 40 por ciento en sí misma», dice Burke.

El Instituto también requerirá menos servidores para albergar una actualización de su plataforma de secuenciación. “Nuestro proveedor de secuenciación ha lanzado una nueva plataforma que puede generar 20 terabytes de datos brutos cada siete días”, dice Burke. “Como es habitual, el proveedor recomienda cierto hardware para el procesamiento de datos. Ignoraré esta recomendación y trabajaré con Dell para desarrollar un sistema informático basado en PowerEdge R910 más potente «.

Aunque DHMRI planea utilizar más R910 una vez que se traslade a la nueva plataforma de secuenciación, el
El R910 actualmente en uso se amortiza y se amortiza rápidamente. «Veremos un retorno muy rápido de nuestra inversión en el PowerEdge R910», confirma Burke. «El servidor se amortizará en tres cuartas partes».

Llegue más lejos con los servicios de Dell

Cuando DHMRI construyó su centro de datos en 2008, tuvo el lujo de una implementación de campo verde, pero necesitaba poner las instalaciones en funcionamiento rápidamente, con personal de TI limitado. «Como nueva institución, tuvimos una oportunidad única de construir nuestra arquitectura e infraestructura informática desde cero sin ningún equipo heredado en el sitio», dice Burke. «No teníamos los recursos para implementar por nuestra cuenta, por lo que utilizamos los Servicios de implementación de Dell para aumentar nuestro personal existente».

DHMRI se asoció con los servicios de consultoría de Dell para planificar un entorno virtualizado que se ejecuta en servidores blade Dell PowerEdge M600 con procesadores Intel Xeon. Los servidores, alojados en gabinetes blade Dell PowerEdge M1000e, admiten dos dominios completamente separados.

«Tenemos nuestra propia arquitectura de edificios, que respalda nuestra base de usuarios con servicios de impresión y archivos, contabilidad y otras aplicaciones administrativas, y la mayor parte de ese entorno está virtualizado con VMware Infrastructure 3», dice Burke. . “Y luego tenemos nuestra propia arquitectura de búsqueda, virtualizada con Citrix XenServer. Los servicios de consultoría de Dell nos ayudaron a construir nuestro entorno de construcción desde cero e implementaron Microsoft Exchange y Active Directory de acuerdo con las mejores prácticas. Con los servicios de Dell, pudimos construir una infraestructura confiable en dos meses, mucho más rápido de lo que podríamos haber tenido por nuestra cuenta ”. DHMRI compró el software VMware a través de Dell.

Como organización centrada en la tecnología, DHMRI actualiza su hardware cada dos años. Para simplificar el proceso, el Instituto alquila equipos Dell a través de Dell Financial Services. “Hemos usado mucho nuestras máquinas en el transcurso de dos años y creemos que es el momento apropiado para devolverlas a Dell y poner algo más en la próxima generación”, dice Burke. «Una de nuestras prioridades es mantener nuestros trabajos más intensivos en computación ejecutándose con la última tecnología y Dell Financial Services nos permite facilitar esto».

Promover la salud a través del conocimiento

El Sr. Murdock puede estar orgulloso de su inversión en DHMRI y reconfortarse con el hecho de que los dólares de investigación se están gastando sabiamente.

«Al final del día, el objetivo de esta instalación es tomar todos estos datos dispares e integrarlos para proporcionar una plataforma para que los científicos evalúen los datos en todas las disciplinas», concluye Burke. «Esta nueva base de conocimientos eventualmente tendrá un impacto directo en la salud humana».

Descubra cómo Dell puede ayudarlo a habilitar sus descubrimientos de investigación

No te olvides compartir en tus redes sociales para que tus amigos lo lean

??? ? ? ???

Comparte