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La computación en la nube ayuda a combatir el cáncer pediátrico

Hola y mil gracias por leerme. Te escribe Simón Sánchez y en esta ocasión vamos a hablar sobre La computación en la nube ayuda a combatir el cáncer pediátrico

Como parte de su Alimenta el posible programa benéfico, Dell proporciona una infraestructura de TI segura basada en la nube para respaldar el primer ensayo clínico de medicina personalizada aprobado por la FDA para el cáncer pediátrico. La investigación es realizada por el Consorcio de Investigación Traslacional de Neuroblastoma y Meduloblastoma (NMTRC) en el Instituto de Investigación Van Andel (DIVERSO) y con el apoyo del Instituto de Investigación de Genómica Traslacional (Tgen). HPC in the Cloud habló con Jamie Coffin de Dell para obtener más información sobre este trabajo que salva vidas.

Los avances en la secuenciación del ADN están destinados a transformar el uso de la información genética en la medicina tradicional. El proyecto del genoma humano, lanzado en 1990, tomó 13 años y costó casi $ 3 mil millones para completar. Ahora, con el último trabajo de compañías como Life Technologies e Illumina, es posible secuenciar un genoma en menos de dos semanas a un costo de alrededor de $ 10-50,000, o menos, dependiendo de la tecnología.

La industria ha llegado a un punto de inflexión en el que el advenimiento de la nueva tecnología informática de alto rendimiento y las nuevas herramientas de secuenciación del genoma significa que es posible hacer algo nunca antes posible en la medicina clínica, como el uso de datos. genómica para tomar decisiones clínicas a nivel de paciente. No hay duda: este es un gran problema.

Para lograr este importante trabajo, Dell se asoció con el Translational Genomics Research Institute, una organización sin fines de lucro con sede en Phoenix, Arizona, que se centra en trasladar la medicina traslacional de la investigación a la clínica. El ensayo lo está llevando a cabo el Consorcio de Investigación Traslacional de Neuroblastoma y Meduloblastoma, un grupo de 11 universidades y hospitales pediátricos que ofrecen una red nacional de ensayos clínicos de cáncer infantil. En noviembre de 2011, el equipo lanzó un primer ensayo clínico basado en genómica para tratar y estudiar el cáncer pediátrico, específicamente el neuroblastoma en recaída y refractario, una forma particularmente mortal de cáncer infantil. Según el representante de Dell Jamie Coffin, esta enfermedad mortal mata aproximadamente al 97% de sus víctimas en 1-2 años. Con el cáncer tan rápido, no hay tiempo para el método tradicional de tratamiento con medicamentos de «prueba y error», pero la medicina personalizada ofrece una nueva esperanza a estos pacientes jóvenes.

El estudio está probando la hipótesis de que las aberraciones moleculares en los tumores de pacientes individuales se pueden identificar en tiempo real a través del análisis genómico para predecir la respuesta a las terapias dirigidas. Los investigadores utilizan datos genómicos para crear un perfil médico único para el paciente. Esto les permite predecir cuál de los 150-200 medicamentos de quimioterapia disponibles será más eficaz. Luego, cada paciente se combina con un cóctel de medicamentos personalizado. Con la tecnología traslacional de Tgen y la plataforma en la nube de Dell, el trabajo de un año ahora se puede completar en dos semanas. Esto significa literalmente la diferencia entre la vida y la muerte para algunos pacientes. Según Coffin, los primeros resultados reflejan tasas de éxito del 24-30%.

La fundación benéfica de Dell, Powering the Possible, está involucrada en este trabajo en muchos niveles, en la construcción de plataformas de alta gama y desde una perspectiva de investigación. La cantidad de datos generados por cada prueba es de aproximadamente 30 terabytes por paciente. Daniel Vonn Hoff, médico en jefe de T-Gen, explica que es como destruir una biblioteca legal completa y luego volver a armarla. Los químicos computacionales de Dell están investigando formas de administrar todos estos datos, por ejemplo, cómo sacar los datos del instrumento, procesarlos lo más rápido posible y luego mover los datos a la nube para poder compartirlos.

La tecnología en la nube se utiliza para acelerar el cálculo, así como para administrar y almacenar los datos resultantes. La nube también permite el alto grado de colaboración requerido para la investigación científica a este nivel. Los científicos organizan videoconferencias en las que trabajan fuera de las «juntas de tumores» para tomar decisiones clínicas para los pacientes en tiempo real. Anteriormente, habrían tenido que enviarse discos duros entre sí para tener ese grado de colaboración y ahora siempre se puede acceder a los datos a través de la plataforma en la nube.

«Esperamos cambiar la forma en que se administra la medicina clínica a los pacientes pediátricos con cáncer, y nada de esto podría lograrse sin la nube», dice enfáticamente Coffin. «Con 12 centros oncológicos colaboradores, necesita la nube para intercambiar datos».

Dell confió en donaciones para construir la máquina inicial de alto rendimiento de 8.2 teraflop. Una segunda ronda de donaciones significó duplicar los recursos para esta importante obra, hasta un estimado de 13 teraflops de desempeño sostenido.

“La expansión del tamaño de la huella significa que podemos tratar a más y más pacientes en el ensayo clínico, por lo que este es un momento emocionante para nosotros. Este es el primer ensayo clínico pediátrico que utiliza datos genómicos jamás realizado. Y Dell está a la vanguardia en la dirección de este trabajo desde el punto de vista de HPC y desde un punto de vista científico «.

La plataforma donada consta de servidores blade Dell PowerEdge, matrices de almacenamiento PowerVault, matrices Dell Compellent Storage Center e infraestructura de red Dell Force10. Cuenta con 148 CPU, 1192 núcleos, 7.1 TB de RAM y 265 TB de disco (almacenamiento de datos). Las estaciones de trabajo Dell Precision están disponibles para análisis y revisión de datos. La capacidad informática y de colaboración de TGen aumentó en un 1200% en comparación con el grupo clínico anterior del sitio. Además, el nuevo sistema ha reducido el tiempo para mapear y analizar el tumor de meses a días.

La medicina personalizada es el futuro de la asistencia sanitaria. Con el apoyo continuo para su brazo caritativo, Dell espera hacer que esta tecnología que salve vidas sea accesible para cientos de niños durante los próximos tres años. El objetivo aún mayor aquí, según la compañía, es establecer un marco de información que algún día podría ayudar a miles de pacientes pediátricos con cáncer.

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