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La supercomputación fortalece la ciencia agrícola en India

Hola y mil gracias por leerme. Soy Simón Sánchez y en esta ocasión te voy a hablar sobre La supercomputación fortalece la ciencia agrícola en India

Se está produciendo un cambio de paradigma en las ciencias agrícolas debido a la explosión de datos basados ​​en genómica y los avances computacionales concomitantes. En la India, los líderes están interesados ​​en promover la creciente disciplina de la supercomputación genómica mediante el establecimiento de un centro y una red de supercomputación nacional para apoyar la bioinformática y la ciencia agrícola.

Un reciente artículo in BioSpectrum explora esta transformación, señalando que la naturaleza de la genómica intensiva en datos es tal que no se adapta a los enfoques analíticos tradicionales. Así, «el papel de la bioinformática ha surgido como un programa interdisciplinario, vinculando las ciencias computacionales y matemáticas con las ciencias de la vida», señala el artículo.

En Nueva Delhi, ASHOKA, acrónimo de Advanced Supercomputing Hub for OMICS Knowledge in Agriculture, se estableció en el Centro de Bioinformática Agrícola (CABin) como el primer centro de supercomputación para la agricultura india. CABin, parte del Instituto de Investigación de Estadísticas Agrícolas de la India (IASRI), promueve actividades bioinformáticas colaborativas a nivel nacional e internacional. El centro ha dedicado conectividad de alta velocidad a múltiples organizaciones de investigación centradas en el dominio relacionadas con cultivos, animales, pesca y microbios agrícolas.

IASRI está trabajando con el Ministerio de Agricultura y CDAC, Pune, para construir una red nacional de supercomputadoras para la agricultura y la planificación agrícola. El objetivo del esfuerzo es que biólogos, estadísticos e informáticos colaboren con un enfoque de biología de sistemas orientado a la resolución de problemas. Esta instalación estará abierta a miembros del Consejo Indio de Investigación Agrícola (ICAR) y científicos agrícolas de toda la India.

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El subproyecto «Establecimiento de la Red Nacional de Bioinformática Agrícola (NABG) en ICAR» es supervisado por el Proyecto Nacional de Innovación Agrícola (NAIP), parte del ICAR. El centro de centro de datos de última generación, ASHOKA, incluye dos supercomputadoras que se encuentran en los números 11 y 24 en la lista del Instituto de Ciencias de la India (IISc) de las mejores supercomputadoras de la India. El concentrador tiene aproximadamente 1,5 petabytes de almacenamiento divididos en tres tipos diferentes de arquitectura de almacenamiento: almacenamiento conectado a la red (NAS), sistema de archivos paralelo (PFS) y almacenamiento.

Este centro se conecta a sistemas de supercomputación para formar una red de bioinformática agrícola nacional que incluye las Oficinas Nacionales de Recursos Fitogenéticos (NBPGR) en Nueva Delhi y Lucknow, las Oficinas Nacionales de Microbios Agrícolas (NBAIM) en Mau y las oficinas nacionales de Importantes insectos agrícolas (NBAII) en Bangalore. Actualmente se están desarrollando numerosos programas / flujos de trabajo / canalizaciones de biología computacional y bioinformática agrícola. El objetivo es proporcionar acceso continuo a estos recursos informáticos biológicos para científicos de todo el país.

CABin jefe y científico principal, Dr. Anil Rai explica el impulso de la grilla computacional y el portal de acceso. «Estamos tratando de construir este sistema para que los científicos no tengan que venir aquí cada vez para realizar un análisis, sino para asegurarnos de que puedan hacer lo mismo mientras están sentados en sus escritorios», dice. “Para ello estamos construyendo un portal nacional de bioinfomática que está listo en casi un 80%. Existe una disposición para monitorear los resultados de los datos por parte de los científicos respectivos de manera regular y también alertas por SMS para proporcionar información rápida sobre el progreso. Este sistema apoyará los requisitos de computación de la investigación en biotecnología en el país. Esto también cerrará la brecha entre la información y el conocimiento genómico, utilizando ciencias estadísticas y computacionales. Además, esto ayudará en la creación de grandes bases de datos genómicas, almacenes de datos, software y herramientas, algoritmos, navegadores genómicos con poder computacional de alta gama para extraer información y conocimiento de recursos genómicos entre especies «.

El Dr. Dinesh Kumar, científico senior en biotecnología en CABin, agrega su apoyo. «Abrirá nuevas perspectivas para la investigación posterior en bioinformática que van desde el modelado de la función celular, redes genéticas, vías metabólicas, validación de objetivos de fármacos hasta comprender la función. y culminando en el desarrollo de variedades y razas mejoradas para aumentar la productividad agrícola en muchas ocasiones «.

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