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Las simulaciones basadas en GPU hacen avanzar la investigación del corazón

Hola, un placer verte por aquí. Te habla Simón Sánchez y esta vez te voy a contar sobre Las simulaciones basadas en GPU hacen avanzar la investigación del corazón

Con las enfermedades cardíacas en la parte superior de la lista como la principal causa de muerte en todo el mundo, las alteraciones del ritmo cardíaco o las arritmias merecen una seria preocupación.

La esperanza de detener los efectos devastadores del trastorno es el Instituto de Investigación Cardíaca Victor Chang (VCCRI) en Darlinghurst, Australia, donde los investigadores están utilizando una supercomputadora para comprender, diagnosticar y tratar mejor las arritmias.

Utilizando la supercomputadora Bragg de CSIRO, el Dr. Adam Hill, cardiólogo computacional de VCCRI, dirigió un equipo para investigar las causas de los ritmos cardíacos anormales, así como la base genética.

En circunstancias ideales, su corazón funciona como un metrónomo, bombeando sangre en golpes coordinados, según lo dictado por una serie de impulsos eléctricos. Pero cuando ese conductor eléctrico no hace su trabajo, el corazón se vuelve menos eficiente y eventualmente puede resultar en la muerte.

El grupo de GPU de CSIRO lleva el nombre de los primeros ganadores del Premio Nobel de Australia, Lawrence y Henry Bragg. El sistema, lanzado en 2009 a través de una asociación con Xenon Systems y actualizado regularmente, ocupó el puesto 154 en la lista TOP500 de 2014. El clúster ejecuta aplicaciones Linux y Windows y es una de las supercomputadoras más rápidas del mundo con sistema operativo Windows. HPC.

Sus componentes incluyen:

  • 128 E5-2650 nodos de cómputo Xeon de 8 núcleos duales (es decir, un total de 2048 núcleos de cómputo) con 128 GB de RAM, 500 GB de memoria SATA e interconexión FDR10 InfiniBand
  • 384 GPU Kepler Tesla K20 (para un total de 950,976 núcleos CUDA)
  • Conmutador InfiniBand FDR de 162 puertos
  • Grandes sistemas de archivos compartidos NFS / Windows

Gracias a Bragg, el equipo dice que esta es la primera vez que los cardiólogos han observado tan de cerca el funcionamiento interno de las arritmias. Esto fue posible gracias a los aceleradores de GPU de NVIDIA, que facilitaron las aceleraciones 6-200X para las aplicaciones científicas de CSIRO. Con Bragg, la simulación tomó diez días, mientras que la misma simulación en una estación de trabajo normal habría tardado 21 años en completar el trabajo.

En cuanto a las aplicaciones de la vida real, el Dr. Hill espera que su estudio comience permitiendo a los médicos interpretar mejor las lecturas cardíacas, lo que a su vez significará diagnósticos más rápidos y precisos cuando se trata de trastornos del ritmo cardíaco.

El siguiente paso vendrá de una mejor comprensión de cómo y por qué el trastorno se manifiesta de manera diferente en diferentes pacientes, lo que significa mejores tratamientos y, en última instancia, más vidas salvadas.

El texto completo del estudio del Dr. Hill se puede encontrar aquí.

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