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Mantenga el flujo en el cálculo científico

Hola otra vez. Yo soy Simón Sánchez y en esta ocasión hablaremos sobre Mantenga el flujo en el cálculo científico

Ilkay Altintas, coordinador adjunto de investigación y director de SDSC Laboratorio de Tecnologías de Automatización de Flujos de Trabajo Científicos, fue nombrada recientemente la primera «Persona Pi del año» de la SDSC. Nombrado en honor al símbolo π, el premio reconoce a los investigadores que, como colaboradores e innovadores en investigación y desarrollo aplicados, tienen una «pata» en uno o más dominios científicos y la otra en tecnologías de infraestructura de la información. Altintas se asegura de que esos investigadores puedan enfocar sus recursos en su ciencia en lugar de resolver problemas de flujo de trabajo u otros problemas computacionales. Ha estado explorando flujos de trabajo científicos durante más de una década y es uno de los fundadores de Kepler colaboración, un proyecto que proporciona a los investigadores los medios para acceder, organizar y compartir datos y flujos de trabajo a través de una interfaz común. Altintas fue entrevistada recientemente por el personal de relaciones externas de SDSC para explicar su papel con más detalle.

P. ¿Qué es un flujo de trabajo científico y Kepler en particular?

Altintas: Un flujo de trabajo científico es una serie de pasos computacionales que los científicos utilizan para generar resultados. Esto puede implicar el acceso a múltiples aplicaciones y bases de datos y el procesamiento de datos mediante un trabajo intensivo en computación en clústeres de alto rendimiento. Kepler es una aplicación de flujo de trabajo científico de código abierto basada en la comunidad que ayuda a los usuarios a compartir y reutilizar datos, flujos de trabajo y componentes desarrollados por la comunidad científica para satisfacer necesidades comunes. Realmente comenzó como un esfuerzo de base justo cuando la red informática comenzó a despegar, y durante la última década ha evolucionado a medida que la integración de software se ha vuelto cada vez más difícil. Se llama Kepler, en honor al software Ptolomeo en el que se basa.

P. ¿Cómo puede la comunidad científica conocer Kepler?

Altintas: Al principio teníamos que presentar las herramientas a las comunidades, ir a los investigadores y explicarles cómo encajarían en su trabajo. Todavía reclutamos en estos días, pero hay una nueva generación de científicos que consideran que los flujos de trabajo son críticos para el éxito de su trabajo, aunque no sean programadores o no tengan el dinero para contratar uno. Cuando están interesados ​​en trabajar con flujos de trabajo, nos encuentran.

P. ¿Qué dominios científicos usa Kepler?

Altintas: Kepler ha sido adoptado por investigadores en todos los campos científicos: geofísica, astrofísica, biología computacional, ecología y más. A medida que aumentaba la necesidad de flujos de trabajo, he estado involucrado en proyectos que van desde la bioinformática y la ecología microbiana hasta el monitoreo de los océanos y la gestión de incendios a través de redes de sensores. Todos enfrentan desafíos similares en la integración de datos y software. UC San Diego tiene una serie de proyectos biomédicos y contra el cáncer, como el Recurso nacional de computación biomédica que usan Kepler. Un nuevo proyecto, llamado WIFIRE, aplicará los flujos de trabajo a los datos de incendios, que no solo sirven a los científicos, sino también a las personas de la comunidad de San Diego que pueden verse afectadas por dichos incendios.

P. ¿Qué tienen que ver los flujos de trabajo científicos con los incendios?

Altintas: El condado de San Diego tiene uno de los entornos más conectados del mundo con la HPWREN red de teledetección y tenemos frecuentes incendios. los WIFIRE El proyecto combina datos de dichos sensores junto con otra información, como datos satelitales y meteorológicos, luego aplica el procesamiento a gran escala al procesamiento, visualización, modelado y asimilación de datos para ayudar a monitorear y predecir el comportamiento. de incendios. Los flujos de trabajo científicos ayudan a simplificar estos pasos para que pueda generar rápidamente los diferentes tipos de modelos y datos de imágenes que necesitan los científicos, los legisladores y los bomberos, entre otros.

P. ¿Qué proyectos le gustaría emprender o hardware compraría si tuviera fondos ilimitados?

Altintas: Suena divertido decirlo, pero no cambiaría nada. Intentaría hacer lo que ya hacemos mejor, de manera más eficiente. Últimamente me ha interesado la «ciencia reproducible». La colaboración científica avanza más rápido y es importante capturar los esfuerzos científicos de manera más abierta para que pueda reproducirse en el futuro.

P. Estás en el consejo editorial de Sistemas informáticos de la generación futura. ¿Cuáles son los temas populares?

Altintas: La revista se centra en la infraestructura informática avanzada para sistemas distribuidos a gran escala, por lo que algunos de los artículos más populares tratan sobre flujos de trabajo, computación en la nube y optimización de resolución de problemas.

P. ¿Cómo terminaste en la SDSC?

Altintas: Acababa de terminar mi tesis de maestría y estaba trabajando en Universidad Tecnica del Medio Este en Turquía. Vi un trabajo interesante en SDSC en la gestión de datos científicos, solicité y me mudé a San Diego para trabajar como programador en 2001. He estado en SDSC desde entonces, pero han sucedido muchas cosas buenas en el camino.

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