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Molécula al Universo, cuáles son los desafíos de ASC15

Hola, un placer verte por aquí. Soy Simón Sánchez y esta vez te voy a hablar sobre Molécula al Universo, cuáles son los desafíos de ASC15

Se acaban de publicar las notificaciones de la ronda preliminar ASC15. En las notificaciones, se compartieron tres nuevas preguntas con 152 equipos de 135 universidades.

ASC es uno de los mayores desafíos de supercomputación del mundo, no solo por su enorme popularidad. También es un desafío para el trabajo en equipo y las habilidades prácticas. Si bien muchas personas no están muy familiarizadas con la supercomputadora, todavía tienen grandes intereses y curiosidades sobre esta frontera de alta tecnología. Las preguntas de la competencia, como una hermosa ventana, echemos un vistazo a la sesión de este año.

Velocidad en eficiencia: de HPL a HPCC

El primer cambio importante en ASC15 se refiere a la sustitución de HPL por HPC Challenge (HPCC). HPL mide la velocidad de ejecución en coma flotante para resolver un sistema de ecuaciones lineales. Mientras que HPCC examina el rendimiento de las arquitecturas HPC utilizando kernels con patrones de acceso a la memoria. Las pruebas incluyen cuatro puntos de referencia de kernel locales (matriz-matriz múltiple, STREAM, acceso aleatorio y FFT) y cuatro puntos de referencia de kernel globales (HPL, transposición de matriz paralela-PTRANS, acceso aleatorio y FFT). Por lo tanto, HPCC considera más funciones de la supercomputadora, incluidos flop, memoria y Ethernet. Como propusieron Jack Dongarra, Piotr Luszczek y algunos expertos estadounidenses y europeos, el HPCC es más completo que el HPPL.

La propuesta de HPCC también apunta a conceptos que cambian de la informática de alto rendimiento a la informática de alta productividad. Ya sabíamos que el alto rendimiento por sí solo no puede resolverlo todo, es necesario apoyarse en aplicaciones prácticas y aumentar la eficiencia. Estos son los nuevos requisitos para la supercomputadora.

Molécula para el universo: NAMD + SKA

Las otras dos preguntas son NAMD y Gridding, que estudian el mundo microscópico y macroscópico, respectivamente.

NAMD es un código de dinámica molecular paralelo diseñado para la simulación de alto rendimiento de grandes sistemas biomoleculares. Escale hasta cientos de núcleos para simulaciones típicas y más de 500.000 núcleos para simulaciones más grandes. NAMD recibió el premio Gordon Bell 2002 y el premio Sidney Fernbach 2012. NAMD es un código de supercomputadora muy popular y ampliamente utilizado en el campo de las ciencias de la vida, como el desarrollo de la medicina del cáncer.

Otra cuestión de competencia, Gridding es un procedimiento de procesamiento muy importante y que requiere mucho tiempo en el procesamiento de datos SKA. Como el programa de «big data» más grande del mundo, los datos producidos por SKA cada año podrían llegar a 3000 PB, 30 veces más que los de Google.

Para reconstruir la imagen del cielo a partir de los datos recopilados por el radiotelescopio, los científicos tendrán una serie de procesos, uno de los cuales es que los datos irregulares producidos deben mapearse en la malla 2-D estandarizada para el Transformación de FourierEste proceso de mapeo se llama Gridding.

Como lo presentó el Dr. Qing (Kitty) Ji, director ejecutivo de ASC, la versión en serie de Gridding sigue siendo un importante cuello de botella en el análisis de datos de SKA. Esos científicos de SKA esperan ansiosamente el código Gridding optimizado y en paralelo del desafío ASC15.

Como ilustran las tres preguntas, hay dos características nuevas. Primero, al adoptar HPCC, ASC15 prestó más atención a la capacidad práctica general de los equipos. En segundo lugar, ASC15 es más difícil que ASC14 debido a la complejidad de la portabilidad Xeon-phi y la optimización de NAMD y Gridding.

«Try Different» es el lema de ASC15. Se refiere a las dificultades y la importancia de la competencia de este año y ya ha sido bien encarnado por el número del equipo inscrito y las preguntas de la ronda preliminar.

ASC15

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