NCGAS hace de HPC una herramienta vital para los biólogos

Hola, un placer verte por aquí. En el teclado Simón Sánchez y esta vez te voy a hablar sobre NCGAS hace de HPC una herramienta vital para los biólogos

El Centro Nacional de Soporte para el Análisis del Genoma (NCGAS) de la Universidad de Indiana ha ampliado sus servicios para ayudar a los biólogos a utilizar la informática de alto rendimiento, anunció el gerente de NCGAS en una presentación el 23 de julio en la conferencia XSEDE13 en San Diego. .

«Todo el mundo tiene conocimientos de informática», dijo Richard LeDuc. «Pero cuando llegamos a estos niveles muy altos de habilidad» necesarios para la bioinformática intensiva, «son cada vez más raros». NCGAS, explicó, existe para ofrecer a los biólogos acceso al campo en todos los niveles.

NCGAS está financiado por la National Science Foundation y es una colaboración entre la Universidad de Indiana, el Pittsburgh Supercomputing Center (PSC), el San Diego Supercomputer Center (SDSC) y el Texas Advanced Computing Center (TACC). El día de la presentación de LeDuc, NCGAS anunció que estaba proporcionando a los usuarios:

  • hasta 50 TB de espacio de almacenamiento en el repositorio de datos científicos de IU
  • servicios para la edición y publicación a largo plazo de datos brutos y resultados finales
  • cartas de compromiso para recursos de consultoría, cálculo y almacenamiento de datos para propuestas de financiamiento de usuarios

Otros recursos de NCGAS LeDuc descritos incluyen:

  • bioinformática experta para apoyar a los biólogos con cualquier nivel de conocimiento tecnológico
  • una instancia de la herramienta de flujo de trabajo de investigación Galaxy desarrollada en Penn State University con herramientas de transferencia, transformación y análisis de datos preinstaladas
  • Rockhopper, un dispositivo de supercomputación en la nube alojado en IU
  • Clúster de memoria grande Mason de IU, con 512 GB de RAM por nodo para ensamblaje
  • el condensador de datos, que ofrece 5 PB a 20 Gbps de rendimiento
  • acceso a recursos de HPC como PSC Blacklight y otras supercomputadoras SDSC y TACC

LeDuc señaló que NCGAS ofrece soporte a los usuarios en cualquier nivel requerido. «La mayoría de los proyectos … necesitan muy poca ayuda de nuestra parte», dijo. «Todo lo que necesitan son computadoras grandes y recursos para ejecutar sus análisis».

Algunos investigadores, sin embargo, necesitan entrar en bioinformática básica: «Otros biólogos no tienen a nadie que les brinde apoyo de HPC», dijo, y NCGAS, gracias a su experiencia en bioinformática, puede satisfacer la necesidad. En un proyecto oceanográfico, por ejemplo, NCGAS pudo proporcionar análisis genómicos y anotaciones a investigadores que no tenían la formación bioinformática para hacerlo ellos mismos.

La conferencia anual XSEDE, organizada por Extreme Science and Engineering Discovery Environment (xsede.org) de la National Science Foundation con el apoyo de patrocinadores corporativos y sin fines de lucro, reúne a la comunidad extendida de personas interesadas en avanzar en la investigación sobre infraestructura de información y servicios digitales integrados en beneficio de la ciencia y la sociedad. XSEDE13 se llevó a cabo del 22 al 25 de julio en San Diego; XSEDE14 se llevará a cabo del 13 al 18 de julio en Atlanta.

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