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NIH FINANCIA «UNA TIENDA» PARA INFORMACIÓN SOBRE PROTEÍNAS

Hola, ¿qué tal colega?. Te escribe Simón Sánchez y en el día de hoy te voy a hablar sobre NIH FINANCIA «UNA TIENDA» PARA INFORMACIÓN SOBRE PROTEÍNAS

NOTICIAS DE CIENCIA E INGENIERÍA

El Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales (NIGMS), parte de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), otorgó una subvención de cinco años de $ 5.4 millones a investigadores del Centro de Supercomputación de San Diego (SDSC), el Instituto de Graduados Keck (KGI). ) y el Instituto Burnham para desarrollar un recurso comunitario para la anotación y el modelado sistemáticos de proteínas (SPAM).

El nuevo recurso amplía los esfuerzos en curso en proteómica en el SDSC y la Universidad de California, San Diego (UCSD), y permitirá la ciencia emergente de la genómica estructural, considerada la «próxima ola» en biología. En última instancia, el proyecto mejorará la ingeniería y el diseño de proteínas con un impacto social potencial que va desde la mejora de la producción de alimentos hasta la limpieza de desechos tóxicos y el diseño de medicamentos.

«Esta es la era de la biología estructural, ya que se manifiesta en varios proyectos de genómica estructural en curso en todo el mundo», dijo Philip E. Bourne, investigador principal del proyecto y director de Biociencias Integrativas en SDSC y profesor de farmacología en UCSD. . «Con las estructuras de proteínas en el centro del escenario, surge la necesidad de una mayor caracterización de la estructura y la secuencia, decisiones más informadas sobre qué nuevas estructuras determinar y la necesidad de nuevas herramientas para asociar la secuencia, la estructura y la función biológica».

Actualmente, la información sobre la secuencia de la proteína se está produciendo a un ritmo tal que el descubrimiento de la estructura de la proteína y la función biológica se ha quedado muy atrás. La genómica estructural, un análisis de la estructura de alto rendimiento de todos los marcos de lectura abiertos que se pueden determinar en un genoma determinado, está comenzando a tener un impacto para abordar este problema. El proyecto SPAM llevará a los científicos al siguiente paso en la comprensión, la función biológica, al aplicar esta nueva riqueza de datos de estructura.

Francine Berman, Directora de SDSC y NPACI, dijo: «Este es un proyecto muy emocionante para SDSC, no solo trae nuestra infraestructura de ciencia computacional para abordar un problema de gran importancia y para el cual tenemos una gran experiencia, instituciones hermanas, el Burnham Institute y el Keck Graduate Institute «.

Una de las tareas del recurso, utilizar y desarrollar nuevos algoritmos, será tomar el crecimiento casi exponencial de la información sobre la secuencia de proteínas y ejecutarlo a través de una tubería para asignar anotaciones funcionales putativas y estructuras modelo donde no existen estructuras experimentales. «La colaboración respaldada por esta financiación nos permite aprovechar nuestra capacidad para predecir la estructura de las proteínas a partir del alfabeto genético lineal», dijo Adam Godzik, director de bionformática y biología estructural en el Instituto Burnham. Los resultados se almacenarán en una base de datos para acceder a la comunidad mundial a través de la web.

«Una de las fortalezas de este esfuerzo es que reúne a un grupo de individuos de diferentes instituciones con habilidades claramente diferentes pero complementarias para desarrollar e implementar una gama de herramientas computacionales en genómica estructural», dijo T. Gregory Dewey, director de investigación. y profesor del Keck Graduate Institute. «Esperamos mucha sinergia en este proyecto como resultado de esta colaboración específica».

«Ya estamos avanzando al siguiente paso», dijo Bourne. “El SPAM constituye el núcleo de un esfuerzo de integración más amplio que reúne los muchos recursos que nosotros y otros tenemos sobre el papel de las proteínas en los sistemas vivos. Nuestro objetivo a largo plazo es establecer lo que llamamos la Enciclopedia de la vida, un punto de referencia para obtener información sobre los componentes básicos de la vida que cualquier persona lo suficientemente curiosa como para hacer la pregunta cómo funciona «.

El recurso estará ubicado en la SDSC, que tiene un historial de brindar servicios de alta calidad a la comunidad de biología, incluida la ubicación de la base de datos de proteínas RCSB. El recurso público propuesto integrará el software y los datos resultantes de los centros de genómica estructural individuales a medida que lleven a cabo la determinación de la instalación competitiva de alto rendimiento.

Los co-investigadores con Bourne sobre SPAM son Adam Godzik, director de bioinformática y biología de sistemas en el Instituto Burnham; Ilya N. Shindyalov, científico principal de SDSC; T. Gregory Dewey, profesor y director de investigación, y David Wild, director de informática y profesor asociado en el Keck Graduate Institute en Claremont, CA.

Acerca de SDSC El Centro de Supercomputación de San Diego (SDSC) es una unidad de investigación organizada de UCSD y el sitio de vanguardia de la Asociación Nacional para Infraestructura Computacional Avanzada (NPACI). La misión de SDSC es desarrollar y utilizar tecnología para promover la ciencia, y SDSC proporciona liderazgo tanto a nivel nacional como internacional en informática, gestión de datos, biociencia y otras áreas. Como laboratorio nacional de ciencia e ingeniería computacionales, SDSC está financiado por la National Science Foundation a través de NPACI y otras agencias federales, el estado y la Universidad de California, y organizaciones privadas.

Acerca del Instituto Burnham El Instituto Burnham, fundado en 1976, es una organización benéfica independiente sin fines de lucro dedicada a la investigación biomédica básica. Desde 1981, el Instituto Nacional del Cáncer ha designado al Instituto como Centro de Ciencias Básicas del Cáncer. En 1999, el Instituto estableció el Centro Del E. Webb dedicado a la investigación sobre enfermedades neurodegenerativas y envejecimiento. El Instituto Burnham se clasifica constantemente entre las organizaciones de investigación más influyentes del mundo por el impacto de su investigación en los análisis publicados anualmente por el Instituto de Información Científica de Filadelfia.

Acerca de KGI El miembro más reciente del prestigioso consorcio de Claremont Colleges, el Keck Graduate Institute of Applied Life Sciences fue fundado en 1997 con una subvención de desafío de $ 50 millones de la WM Keck Foundation. Ubicada en Claremont, California, es la primera escuela de posgrado estadounidense dedicada exclusivamente a las ciencias de la vida aplicadas. La misión de KGI es desarrollar programas educativos y de investigación destinados a poner en práctica, en beneficio de la humanidad, el poder y el potencial de las ciencias de la vida. Actualmente, el instituto ofrece una maestría en biociencias basada en un plan de estudios interdisciplinario con cursos técnicos, científicos, gerenciales y éticos. El primer curso de KGI se inscribió en 2000 y se graduará en la primavera de 2002. En el otoño de 2003, KGI establecerá un programa de doctorado en ciencias de la vida aplicadas.

Sitio web: http://www.sdsc.edu

Sitio web: http://www.burnham.org

Sitio web: http://www.kgi.edu

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