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NSF firma un cheque de $ 1.4 millones para Advance Community Database

Hola, ¿qué tal colega?. Soy Simón Sánchez y hoy te voy a contar sobre NSF firma un cheque de $ 1.4 millones para Advance Community Database

Gracias a un premio NSF de 1,4 millones de dólares, los investigadores de bioinformática de la Universidad Estatal de Washington, la Universidad de Clemson y otros lugares pronto tendrán el tipo de infraestructura que puede soportar las cargas de trabajo de genómica de big data de 21 Siglo.

Como parte del proyecto Tripal Gateway, el equipo de varias universidades trabajará para mejorar el alcance y la capacidad de su infraestructura de TI existente con el fin de compartir y procesar mejor grandes conjuntos de datos.

«En un solo día, algunos secuenciadores de ADN modernos pueden producir tantos datos como el genoma humano», declarado el director del proyecto Stephen Ficklin, investigador del estado de Washington. «Esperamos que la avalancha de datos continúe creciendo exponencialmente».

«Los científicos de genómica que pueden acceder a grandes conjuntos de datos pero que tienen recursos limitados para el almacenamiento, el intercambio y el análisis se beneficiarán de este trabajo», añadió.

Durante los próximos tres años, el grupo aprovechará la tecnología de redes definidas por software para transferir grandes conjuntos de datos entre recursos informáticos, mientras que las bases de datos también se mejorarán para admitir el intercambio y el análisis de datos. El objetivo es vincular las bases de datos comunitarias existentes para árboles frutales y frondosas, así como leguminosas, en una red más amplia de bases de datos de investigación Online.

Dirigido por la Universidad Estatal de Washington (WSU), el proyecto utilizará un conjunto de herramientas de código abierto desarrollado por un equipo de Clemson llamado Tripal para implementar la base de datos biológica del proyecto.

Si bien los investigadores necesitan herramientas de carga de trabajo compartida que sean accesibles y fáciles de usar, las bases de datos de la comunidad a menudo carecen del tipo de infraestructura sólida para respaldar una colaboración eficaz y eficiente. Tripal ya ha sido adoptado por múltiples bases de datos de la comunidad y se encuentra en una posición única para proporcionar una infraestructura común.

El Tripal Gateway incluye una serie de módulos (extensiones) que serán desarrollados por el equipo:

– Tripal Galaxy: un módulo que integra los flujos de trabajo de Galaxy en un sitio Tripal, proporcionando flujos de trabajo analíticos de próxima generación y una transición sin problemas de resultados a la base de datos de la comunidad.

– Tripal Exchange: un módulo para proporcionar funcionalidad de consulta entre sitios, lo que permite la recopilación y visualización de datos de varios sitios y la integración de datos en flujos de trabajo.

– Tripal SDN: un módulo que incorpora la tecnología Software Defined Network (SDN), que proporciona mecanismos para mejorar la velocidad del intercambio de datos.

El premio de 1,4 millones es una de las 17 subvenciones, por un valor total de $ 31 millones, otorgadas por el programa NSF Data Infrastructure Building Blocks (DIBB).

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