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«Sailfish» acelera el análisis de la expresión genética

Hola de nuevo. En el teclado Simón Sánchez y hoy vamos a hablar sobre «Sailfish» acelera el análisis de la expresión genética

«Sailfish» es un nuevo método de cálculo de la Universidad Carnegie-Mellon y la Universidad de Maryland que acelera el análisis de secuenciación de ARN en un factor de 20 o más.

El método, denominado pez vela en honor a un pez súper rápido, proporciona estimaciones de cuantificación de la expresión genética mucho más rápido que los métodos anteriores, de modo que un trabajo que antes tomaba horas ahora se puede completar en minutos sin pérdida de precisión. Los detalles de la investigación fueron Publicado Online en la revista Nature Biotechnology.

La expresión genética es el proceso mediante el cual los genes (fragmentos de ADN que codifican información) interactúan para producir diferentes rasgos, como ojos azules o una predisposición al cáncer. La expresión genética se da en toda la vida conocida: es la forma en que se «interpreta» el código genético almacenado en el ADN.

Junto con los grandes avances en genómica, el análisis de la expresión genética se ha vuelto cada vez más importante tanto para los investigadores básicos como para los médicos. Ahora hay grandes depósitos de datos de RNA-seq que los científicos están utilizando para volver a analizar los experimentos; sin embargo, el análisis consume mucho tiempo con una duración promedio de alrededor de 15 horas.

Puede que quince horas no parezcan mucho, pero al multiplicarlas por 100 experimentos, suman Él dice tarjeta co-

La composición genética de un organismo es estática, pero la actividad de los genes individuales varía mucho con el tiempo, explica el escríbelo por Carnegie Mellon. La expresión genética es la clave: es un área de investigación que ofrece una enorme promesa para la prevención de enfermedades. Aunque la actividad genética no se puede medir directamente, se puede inferir monitoreando el ARN, moléculas grandes que juegan un papel vital en la codificación, decodificación, regulación y expresión de genes.

Para observar el ARN, los científicos suelen utilizar un método llamado RNA-seq, que ha sido útil en el campo de la medicina genómica en el análisis de ciertos cánceres. El proceso da como resultado segmentos cortos de ARN, llamados «lecturas». En métodos anteriores, la reconstrucción de moléculas de ARN para medirlas utilizaba un proceso llamado mapeo en el que las lecturas se asignaban a sus posiciones originales en moléculas más grandes como piezas de un rompecabezas. El equipo de investigación pudo eliminar este paso que consumía mucho tiempo al asignar partes de las lecturas a diferentes tipos de moléculas de ARN. Básicamente, cada lectura da varias marcas positivas para una molécula determinada. Aparte del paso de mapeo, Sailfish puede realizar su análisis de ARN de 20 a 30 veces más rápido que los métodos anteriores.

El enfoque numérico será más familiar para los científicos informáticos que para los biólogos, señala Kingsford, pero Sailfish es más robusto y mejor tolerante a los errores. Los errores que rompen un mapeo no son un problema para el enfoque «+1». El resultado es una mayor precisión.

«Al facilitar el reanálisis frecuente de datos y reducir la necesidad de optimizar los parámetros, Sailfish ejemplifica el potencial de los algoritmos ligeros para procesar de manera eficiente las lecturas de secuenciación».

El código Sailfish está disponible para descargar en http://www.cs.cmu.edu/~ckingsf/software/sailfish/.

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