SDSC, TIMELOGIC, ANÁLISIS DE VALIDACIÓN SOLAR DEL MODELO HIDDEN MARKOV - Calendae | Informática, Electrónica, CMS, Ciberseguridad

SDSC, TIMELOGIC, ANÁLISIS DE VALIDACIÓN SOLAR DEL MODELO HIDDEN MARKOV

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NOTICIAS DE CIENCIA E INGENIERÍA

La Jolla, CA, Crystal Bay, NV y Santa Clara, CA – Sun Microsystems, TimeLogic Corporation, fabricante de la línea DeCypher (r) de aceleradores para biocomputación y el San Diego Supercomputer Center (SDSC) en la Universidad de California, San Diego (UCSD) completó recientemente pruebas de referencia y validación científica de análisis bioinformáticos del modelo Hidden Markov a gran escala que comparan velocidades y resultados con los obtenidos en el clúster de PC Linux de SDSC.

En las pruebas, diseñadas por Adam Godzik, PhD, investigador del SDSC en el Centro Conjunto de Genómica Estructural (JCSG) y profesor asociado y director del programa de Bioinformática y Complejidad Biológica en el Instituto Burnham, compararon un grupo de PC Pentium de 32 x 1 GHz. III Linux ejecutando el popular software HMMER del Dr. Sean Eddy (Universidad de Washington en St. Louis), en un servidor Sun Fire 6800 de 8 CPU que contiene la matriz de procesadores de cómputo reconfigurables DeCypher XD-4G FPGA en el bus PCI de Sun Fuego.

El punto de referencia utilizó la base de datos de proteínas no redundantes NR75 de NCBI que contiene 372.119 secuencias (128,1 millones de símbolos aa) como el conjunto de consultas y la base de datos HMM de SDSC de 19.192 modelos como objetivo de búsqueda. Utilizando completamente el clúster de Linux, este análisis requiere 144 días de tiempo de ejecución (aproximadamente cinco meses de procesamiento dedicado e ininterrumpido). La máquina Sun Fire acelerada DeCypher completó toda la tarea en solo 41 horas y 46 minutos. La validez de los resultados científicos fue confirmada por los científicos de la SDSC, basándose en la comparación con los del software del Dr. Eddy. El investigador de SDSC Slawek K. Grzechnik, coordinador técnico del núcleo de bioinformática de JCSG, realizó las pruebas. «La velocidad fue increíble», comentó el Dr. Godzik. «DeCypher demostró ser una herramienta ideal para una comparación de esta magnitud».

«Esta es la era de la biología de alto rendimiento en la que la misma operación se realiza repetidamente en muchos miles de puntos de datos», dijo Philip E. Bourne, profesor de farmacología en UCSD y director del programa Integrative Biosciences de SDSC. “En estos escenarios, resultados como estos son muy significativos. La mejora de la velocidad hace que los análisis a gran escala de este tipo sean mucho más alcanzables «.

Al comentar sobre el excelente resultado, Jim Lindelien, fundador y director de tecnología de TimeLogic, dijo: “Estamos muy contentos de tener la oportunidad de validar nuestro acelerador DeCypher Sun Fire basado en Solaris con los equipos SDSC, JCSG y Sun. Este punto de referencia es fue 82 veces más rápido que las 32 CPU del clúster de Linux. Esto equivale a un rendimiento equivalente de 2.624 CPU para esta importante aplicación bioinformática, en el espacio y la demanda de energía de una sola máquina Sun, con una mejora significativa de precio-rendimiento sobre lo que se considera la tecnología más asequible disponible. «.

Sia Zadeh, PhD, Gerente de Grupo de Ciencias de la Vida en Sun, dijo: “La ventaja de valor de la combinación de tecnología Sun-TimeLogic se evidencia en este logro. Por supuesto, las granjas de servidores desempeñan un papel importante en las ciencias de la vida y el motor de red de Sun respalda este papel. Sin embargo, los operadores de granjas de servidores enfrentan enormes cargas de trabajo administrativo, desafíos de escalabilidad y equilibrio de carga y costos de licencias por CPU a medida que las granjas alcanzan un tamaño enorme. Las organizaciones de ciencias de la vida que luchan con el escalado de TI ahora tienen una hoja de ruta competitiva para suavizar la escalabilidad del rendimiento bioinformático más allá de 1000 CPU para estas aplicaciones críticas de uso intensivo de cómputo ”. Zadeh también agrega:“ Aunque el costo La puesta en marcha de clústeres que no son de Sun puede parecer atractiva, una vez que se tiene en cuenta la gestión del clúster y el tiempo de demora de I + D, el costo total de propiedad de esta solución híbrida, incluidos los aceleradores TimeLogic, es mucho menor y representa un ahorros de costos significativos para los institutos de descubrimiento. «

El Centro Conjunto de Genómica Estructural (JCSG), un consorcio de organizaciones de investigación científica de California que incluyen el Instituto de Investigación Scripps (TSRI) / Instituto de Genómica para la Fundación de Investigación Novartis (GNF); SDSC; y el Stanford Synchrotron Radiation Laboratory (SSRL, una división del Stanford Linear Accelerator Center, SLAC) en la Universidad de Stanford, recibió una subvención de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) para desarrollar e integrar tecnologías robóticas de alto rendimiento para acelerar drásticamente el descubrimiento. de la estructura tridimensional de las proteínas, proporcionando información clave sobre su función biológica.

Sitio web: http://www.timelogic.com

Sitio web: http://www.sdsc.edu

Sitio web: http://www.sun.com

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