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Trabaja rápido para ralentizar las cosas

Hola, un placer verte por aquí. Soy Simón Sánchez y hoy hablaremos sobre Trabaja rápido para ralentizar las cosas

Hideaki Fujitani es profesor en el Laboratorio de Biología y Medicina de Sistemas (LSBM) de la Universidad de Tokio. Tiene una supercomputadora y tiene como objetivo curar el cáncer con ella – este segundo un artículo reciente en The Japan Times, en el que se describe el trabajo de Fujitani.

Según el artículo, Fujitani pasa la mayor parte de su tiempo ejecutando simulaciones de anticuerpos que se unen o intentan unirse a los antígenos. Para aquellos de ustedes que durmieron en la clase de biología, los anticuerpos son proteínas que el sistema inmunológico usa para unirse a antígenos (moléculas extrañas); en este caso, Fujitani está estudiando antígenos específicos para células cancerosas. LSBM, dirigido por Tatsuhiko Kodoma, se centra en el desarrollo de fármacos para pacientes con cánceres avanzados y recurrentes.

Las simulaciones tienen como objetivo crear un enlace de anticuerpos y neutralizar un antígeno. Sin embargo, existe un problema, la simulación es de 30.000 a 40.000 átomos, que consta de antígeno, anticuerpo y agua circundante. Además, las moléculas se mueven extremadamente rápido, «una molécula se mueve en aproximadamente 1 femtosegundo, cambiando gradualmente la forma de las proteínas en microsegundos», dice Fujitani, «para ver la dinámica, es necesario resolver alrededor de mil millones de ecuaciones. si una CPU pudiera resolver una ecuación por segundo, aún se necesitarían 32 años para resolver todos los problemas. Es por eso que necesitamos la supercomputadora más rápida con muchas CPU «.

Afortunadamente para Fujitani, LSBM adquirió una supercomputadora de 612 núcleos en 2010 capaz de romper 34 teraflops. Unos meses después de la llegada del súper, estaba verificando los resultados de su simulación con una radiografía de un anticuerpo real. Por sorprendente que parezca su trabajo, obtener apoyo para el desarrollo de fármacos asistido por computadora no ha sido tan simple. Luchó por el apoyo de Fujitsu, su antiguo empleador, y de la industria farmacéutica japonesa, antes de llevar su talento a la Universidad de Tokio.

Debido a la naturaleza de su práctica, Fujitani siempre puede utilizar más potencia informática. Afortunadamente, pronto lo obtendrá con un diseño que se basará en lo que actualmente es la computadora más rápida del mundo, la computadora de 10 petaflop K. «La K será 240 veces más rápida que la máquina aquí, por lo que podemos hacer los cálculos mucho más rápido y ejecutar varios programas al mismo tiempo», continuó, «Lo que se tarda un mes en simular aquí se hará en tres o cuatro días».

Fujitani parece confiado en que el trabajo que él y el resto del equipo de Kodoma podrán encontrar una cura para el cáncer. Dice que incluso las personas con cáncer en etapas avanzadas pueden curarse en el futuro.

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